FCVの普及を支援するために、日本全国で水素ステーションの整備が進められています。2021年3月時点で約140か所が設置されました。さらに2025年までに320か所程度、2030年までに1000か所程度の設置が目標に掲げられています。この水素ステーション普及を推進するために、幅広い企業が連携する日本水素ステーションネットワーク合同会社（JHyM：ジェイハイム）が設立されました。
当面はFCV普及のために、FCV台数よりも水素ステーションを先行させる形で普及が進められますが、2020年代後半には、FCV台数（水素需要）と水素ステーション（水素供給）がバランスして自立的な普及発展が期待されます。なお2030年頃には、標準的な供給能力の水素ステーション（300Nm3/h）換算で、約900か所が全国に普及す目ことが目標とされています。