FCVの普及を支援するために、日本全国で水素ステーションの整備が進められています。2024年末時点で約160か所が設置されました。標準的な供給能力の水素ステーション（300Nm3/h）換算で2030年までに1000か所程度の設置が目標に掲げられています。この水素ステーション普及を推進するために、幅広い企業が連携する日本水素ステーションネットワーク合同会社（JHyM：ジェイハイム）が設立されました。
現在では、FCVに加えて、商用車（バス、トラック）向けの大容量水素ステーションの建設も始められました。また、大量の水素を短時間で安全に充填するための水素充填技術と国際技術基準の策定が進められています。