FCVの普及が始まりましたが、これに水素を供給するため、四大都市圏（首都圏、中京圏、関西圏、北部九州圏）を中心に120か所以上の商用水素ステーションが整備されました。自治体でも普及に熱心で、独自に普及目標を有しているところもあります。今後は、2020年までに160か所程度、2025年までに320か所程度の設置が目標として定められています。この普及を推進するために、幅広い企業が連携する日本水素ステーションネットワーク合同会社（JHyM：ジェイハイム）が設立されました。
当面はFCV普及のために、FCV台数よりも水素ステーションを先行させる形で普及が進められますが、2020年代後半には、FCV台数（水素需要）と水素ステーション（水素供給）がバランスして自立的な普及発展が期待されます。なお2030年頃には、標準的な供給能力の水素ステーション（300Nm₃/h）換算で、約900か所が全国に普及す目ことが目標とされています。
このような商用水素ステーションとは別に、比較的小規模（水素製造能力0.7Nm₃/h程度）で、再生可能エネルギーを活用した水素ステーションは、100か所程度が設置されると期待されています。